BioSolvetIT Seesar提供藥物設(shè)計(jì)功能，您可以在這款軟件上設(shè)計(jì)新的藥物模型，軟件提供蛋白質(zhì)編輯功能，可以在軟件上設(shè)計(jì)新的蛋白質(zhì)模型，也可以在軟件設(shè)計(jì)分子模型，可以對(duì)配體編輯，可以改善配體，可以對(duì)接配體，可以評(píng)估配體的結(jié)合親和力，可以對(duì)齊多種蛋白質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)，讓用戶可以自由在軟件上設(shè)計(jì)新的藥物模型，軟件界面提供了演示功能，新用戶進(jìn)入主程序就可以查看官方的基礎(chǔ)知識(shí)，隨后創(chuàng)建新的項(xiàng)目開始設(shè)計(jì)分子，需要就下載吧。

軟件功能

　　日常藥物設(shè)計(jì)儀表板

　　SeeSAR是您直觀、可視化的藥物設(shè)計(jì)平臺(tái)。從虛擬篩選到基于片段的設(shè)計(jì)，SeeSAR涵蓋了藥物發(fā)現(xiàn)過(guò)程的每一步，以最有趣和最全面的方式促進(jìn)構(gòu)思。

　　蛋白質(zhì)模式

　　拖放您的蛋白質(zhì)，或在在線數(shù)據(jù)庫(kù)中輕松搜索。在幾秒鐘內(nèi)，您的目標(biāo)就準(zhǔn)備好了，您可以開始了。

　　蛋白質(zhì)編輯器模式

　　根據(jù)您的需要修改您的蛋白質(zhì)。探索旋轉(zhuǎn)器，引入突變，并自定義側(cè)鏈。

　　綁定站點(diǎn)模式

　　SeeSAR會(huì)自動(dòng)為您檢測(cè)配體的結(jié)合位點(diǎn)。此外，您可以通過(guò)添加單個(gè)殘基來(lái)精確擴(kuò)增它，或者只需單擊一下即可找到蛋白質(zhì)中的空口袋。

　　分子編輯器模式

　　根據(jù)您的喜好即時(shí)修改分子 2D 或 3D。完成后，分子將直接為您的任務(wù)做好準(zhǔn)備。

　　分析器模式

　　估計(jì)親和力并使用可視化的 HYDE 分?jǐn)?shù)解釋結(jié)果。過(guò)濾化合物中的相關(guān)參數(shù)，計(jì)算ADME特性，并完全控制配體-靶標(biāo)相互作用。

　　吸氣器模式

　　無(wú)限制地構(gòu)思！發(fā)現(xiàn)新的支架，探索并生長(zhǎng)成自由空腔，或使用片段庫(kù)連接分子以獲得優(yōu)雅的解決方案。

　　對(duì)接方式

　　只需單擊一下即可對(duì)接您的化合物！篩選活性物質(zhì)庫(kù)，并本能地評(píng)估您的結(jié)果。

　　相似性掃描模式

　　無(wú)需基于其分子相似性的目標(biāo)結(jié)構(gòu)即可對(duì)齊化合物。

軟件特色

　　使用SeeSAR'Midas'進(jìn)入現(xiàn)代和復(fù)雜藥物發(fā)現(xiàn)的下一階段。版本 13 被開發(fā)為一個(gè)功能強(qiáng)大但用戶友好的工具，用于生成以目標(biāo)為導(dǎo)向的結(jié)果——只需單擊一下！

　　這種新穎的構(gòu)思引擎被稱為“MedChemesis”：一種配體突變工具，用于創(chuàng)建一系列與基于常見藥物化學(xué)反應(yīng)的查詢化合物的緊密類似物。MedChemesis可以在吸氣器模式下訪問(wèn)，以對(duì)化合物周圍的近端化學(xué)空間進(jìn)行采樣，以進(jìn)行有希望的修飾（例如，生物等空間替代羧酸以取代四唑基團(tuán)，引入鹵素或甲基以增加效力，或用碳代替芳香環(huán)系統(tǒng)內(nèi)的氮原子）。MedChemesis 共有 290 種最常見的藥物化學(xué)轉(zhuǎn)化，以最有效的方式探索了由結(jié)合位點(diǎn)拓?fù)湟龑?dǎo)的大量類似物，而無(wú)需完全列舉所有可能性。

　　除了幾項(xiàng)生活質(zhì)量軟件改進(jìn)外，還增加了另一個(gè)很棒的功能來(lái)增強(qiáng)屏幕設(shè)計(jì)體驗(yàn)：用戶現(xiàn)在可以可視化靶標(biāo)/蛋白質(zhì)表面。多種著色和可視化選項(xiàng)（基于親脂性、鏈?zhǔn)筋伾⒉煌该?透明等）可用于根據(jù)您的需要?jiǎng)?chuàng)建有意義的圖形。功能還不止于此：所有 3D 表面表示都可以通過(guò) SeeSAR glb 文件導(dǎo)出導(dǎo)出，用于演示，以直觀地傳遞您的科學(xué)核心信息！

　　重要提示：SeeSAR 13 帶有更新的 HYDE 化學(xué)模型。因此，SeeSAR 版本 13 和舊版本之間的關(guān)聯(lián)計(jì)算可能會(huì)有所不同。如果在 SeeSAR 13 中打開使用先前 SeeSAR 版本創(chuàng)建的項(xiàng)目，則需要對(duì)姿勢(shì)進(jìn)行后續(xù)重新評(píng)分。

破解方法

　　1、將SeeSAR直接安裝到電腦，可以自己設(shè)置軟件的安裝地址

　　2、提示軟件的安裝過(guò)程， 等等軟件安裝結(jié)束吧

　　3、將seesar.exe、license.lic復(fù)制到軟件的安裝地址替換完成激活

　　4、打開SeeSAR就可以開始新的項(xiàng)目，也可以查看演示內(nèi)容

　　5、SeeSAR是英文軟件，如果你會(huì)使用就可以在軟件上開始設(shè)計(jì)內(nèi)容吧

官方教程

　　作為練習(xí)，我們通過(guò)選擇間位的氫并將其元素類型更改為“N”，在環(huán)上添加一個(gè)氨基。

　　注：

　　在編輯過(guò)程中，你會(huì)看到所有的氫，但沒有估計(jì)的親和力，也沒有海德球體。要查看它們，請(qǐng)首先將編輯后的配體添加到表中（使用綠色按鈕），然后在表中選擇新條目

　　如果你點(diǎn)擊分子條目，你會(huì)看到估計(jì)的親和力和相關(guān)的冠狀病毒，但只有極性的氫。編輯器菜單現(xiàn)在已鎖定。要繼續(xù)編輯，請(qǐng)單擊中心的“繼續(xù)”按鈕

　　現(xiàn)在讓我們?cè)谠恢锰砑右粋€(gè)甲基。同樣，將其存儲(chǔ)在表中，我們可以看到進(jìn)一步增加的親和性估計(jì)。

　　如果你的想法用完了：試試Inspirator模式。要將你的分子放在那里，請(qǐng)用每行前面的復(fù)選框選中它，并將其添加到Inspirator模式。它將幫助你替換分子的一部分，進(jìn)一步生長(zhǎng)分子或合并分子

　　2.添加分子

　　如果您想將自己的分子添加到SeeSAR會(huì)話中：例如，使用您最喜歡的繪圖工具，并將分子保存為sdf-、smiles-或mol2文件。在SeeSAR中切換到Analyzer模式，并通過(guò)加載按鈕添加分子，或?qū)⑵鋸?fù)制/粘貼到輸入庫(kù)字段

　　或者，在此處復(fù)制/粘貼（ctrl+c/ctrl+v）您的分子（作為smile或sdf）。

　　例如，復(fù)制下面的三個(gè)分子，以更改它們的名稱：

　　O=C（N1CCC1）c2c3c（NC=C3）ccc2

　　O=C（N1CCOCC1）c2c3c（NC=C3）ccc2

　　O=C（N1c2c（C（N）ccc2）CC1）c3c4c（NC=C4）ccc3

　　雙擊分子名稱（在這種情況下為“無(wú)名稱”）進(jìn)行更改。用回車鍵確認(rèn)更改

　　要將所有化合物轉(zhuǎn)移到另一種模式（例如，在對(duì)接模式下對(duì)接它們），請(qǐng)單擊“選中”列，然后選擇“全部選中”標(biāo)記列表中的所有分子。如果你只想轉(zhuǎn)移一些分子，請(qǐng)?jiān)诹兄袉为?dú)檢查它們。

　　單擊“將選中的分子添加到模式”，然后選擇您選擇的模式來(lái)處理分子。由于我們要停靠它們，因此將選擇停靠模式。對(duì)接程序在第3節(jié)（對(duì)接）中進(jìn)行了說(shuō)明

　　也可以在“分子編輯器”模式中創(chuàng)建新分子

　　讓我們從苯環(huán)開始。一旦你點(diǎn)擊“苯”，就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)戒指。使用空格鍵或通過(guò)“實(shí)用程序”放大圓環(huán)→ ‘焦點(diǎn)視圖。

　　您可以在二維和三維窗口中修改分子。在二維中，可以添加環(huán)并更改連接類型。在3D中，也可以選擇氫原子，并將其替換為“更改元素”圖標(biāo)。您也可以使用元素的熱鍵，例如使用“C”將原子變?yōu)樘迹蚴褂谩癗”將其變?yōu)榈?

　　完成后，使用“將編輯的分子保存到表”將分子導(dǎo)出到表中。

　　3.Dockin

　　停靠模式用于將分子放置（=停靠）在目標(biāo)結(jié)合位點(diǎn)。

　　你需要配體來(lái)對(duì)接它們。關(guān)于如何將分子添加到對(duì)接庫(kù)，請(qǐng)參見第2節(jié)（添加分子）。

　　注意：如果添加了“對(duì)接庫(kù)”中的所有分子，它們將被對(duì)接

　　要開始對(duì)接，請(qǐng)按“標(biāo)準(zhǔn)對(duì)接：生成姿勢(shì)”按鈕。每個(gè)分子最多可以生成10個(gè)姿勢(shì)，因?yàn)槲覀儗?duì)接設(shè)置保留為默認(rèn)設(shè)置。下一張幻燈片將解釋如何調(diào)整停靠參數(shù)以優(yōu)化停靠結(jié)果

　　“最大姿勢(shì)數(shù)”定義了將為每個(gè)分子生成的最大可能姿勢(shì)數(shù)。SeeSAR默認(rèn)生成10個(gè)姿勢(shì)“沖突容忍度”定義了SeeSAR在對(duì)接過(guò)程中如何處理配體和起點(diǎn)之間的沖突。對(duì)于緊密結(jié)合位點(diǎn)，增加對(duì)“中等”或“高”的耐受性可能會(huì)改善結(jié)果“允許環(huán)構(gòu)象”可用于允許能量上不利的環(huán)構(gòu)象（扭曲、船形）

　　“生成的姿勢(shì)”表將填充“對(duì)接庫(kù)”中配體的生成姿勢(shì)。要評(píng)估生成姿勢(shì)的相關(guān)性，請(qǐng)使用“已檢查”列和“全部檢查”檢查所有姿勢(shì)

　　然后轉(zhuǎn)到“檢查分子的計(jì)算”并選擇“估計(jì)親和力”。

　　注：

　　您可以將HYDE計(jì)算限制為預(yù)先選擇的一組檢查分子。

　　現(xiàn)在，估計(jì)的親和力顯示為對(duì)數(shù)尺度上的一個(gè)范圍。

　　單擊列標(biāo)題會(huì)根據(jù)此值進(jìn)行排序

　　若要在比較中檢查多個(gè)姿勢(shì)，請(qǐng)通過(guò)將分子標(biāo)記為參考來(lái)切換永久可見性。現(xiàn)在，在選擇其他分子時(shí)保持可見。你甚至可以給每個(gè)分子上色來(lái)區(qū)分它們。右鍵單擊分子可以計(jì)算更多姿勢(shì)評(píng)估參數(shù)，或者使用前幾張幻燈片中描述的方法為所有檢查的分子計(jì)算這些參數(shù)

　　您可以在分子表窗口中添加注釋和描述符。

更新日志

　　[2023-05-17]

　　1、增強(qiáng)的 3D 模型導(dǎo)出到 powerpoint

　　將 SeeSAR 中的 3D 模型導(dǎo)出為 .glb 文件，用于外部演示工具（如 PowerPoint）已擴(kuò)展到包括完整的蛋白質(zhì)，包括色帶和表面可視化。

　　這種擴(kuò)展克服了以前的限制，即這種輸出僅限于分子和結(jié)合位點(diǎn)殘基。

　　2、對(duì)引擎蓋

　　下化學(xué)模型的改進(jìn) SeeSAR 13.0 的化學(xué)模型已更新，進(jìn)行了以下更改：

　　VSEPR 幾何形狀的修訂

　　鍵長(zhǎng)的調(diào)整和微調(diào)

　　改進(jìn)的芳香性檢測(cè)

　　對(duì)含過(guò)渡金屬化合物的持續(xù)支持

　　改進(jìn)蒽醌環(huán)系統(tǒng)的構(gòu)象

　　3、改進(jìn)了引擎蓋下的對(duì)接算法

　　極性相互作用的改善和統(tǒng)一

　　改善硫相互作用

　　改進(jìn)和統(tǒng)一的非極性相互作用

　　改進(jìn)了算法的數(shù)值穩(wěn)定性和平臺(tái)獨(dú)立性

　　改進(jìn)了排名和重新對(duì)接結(jié)果

　　4、對(duì)后臺(tái)

　　評(píng)分功能的改進(jìn) SeeSAR 13 隨附 HYDE 2.0，帶來(lái)了以下改進(jìn)：

　　將硫氫鍵視為弱極性相互作用

　　考慮所有原子（包括極性原子）的疏水分?jǐn)?shù)貢獻(xiàn)

　　能夠使用球體 （Ph4） 約束作為后置濾波器

　　改進(jìn)了排名和與實(shí)驗(yàn)結(jié)果的相關(guān)性

　　改進(jìn)了算法的數(shù)值穩(wěn)定性和平臺(tái)獨(dú)立性

　　5、對(duì)引擎蓋

　　下 3D 對(duì)齊算法的改進(jìn) SeeSAR 13 隨附 FlexS 5.0，帶來(lái)了以下改進(jìn)：

　　改進(jìn)、統(tǒng)一的極性相互作用和非極性相互作用

　　考慮疏水原子對(duì)比對(duì)的貢獻(xiàn)

　　改進(jìn)了基準(zhǔn)測(cè)試中的對(duì)齊結(jié)果

　　6、對(duì)底層

　　片段增長(zhǎng)算法的改進(jìn) SeeSAR 13 隨 FastGrow 1.1 一起提供，帶來(lái)了以下改進(jìn)（需要最新版本的擴(kuò)展庫(kù)）：

　　修訂后的片段數(shù)據(jù)庫(kù)，僅包含椅子構(gòu)象

　　SeeSAR 13 附帶了一個(gè)包含 12K 片段的數(shù)據(jù)庫(kù)。更大的片段數(shù)據(jù)庫(kù)可以從我們的網(wǎng)站免費(fèi)下載。

　　改進(jìn)且易于理解的錯(cuò)誤消息

　　7、常規(guī) SeeSAR 可視化架構(gòu)更新

　　3D 渲染機(jī)制已從根本上進(jìn)行了大修，成為獨(dú)立于平臺(tái)的現(xiàn)代化架構(gòu)。

　　SeeSAR的底層用戶界面框架也從Qt5升級(jí)到了Qt6。此升級(jí)的結(jié)果是，某些較舊的 Linux 版本不再受支持。所有擁有服務(wù)器許可證的用戶都必須更新到最新的 Flexlm 11.19.2 許可證包。

　　8、項(xiàng)目兼容性

　　使用早期 SeeSAR 版本創(chuàng)建的項(xiàng)目遷移到 SeeSAR 13.0 的用戶將被告知，所有分?jǐn)?shù)都將重置為 SeeSAR 13.0 中分子處理、化學(xué)和相互作用模型的重大改進(jìn)。用戶將有機(jī)會(huì)保存其舊項(xiàng)目的副本。

　　9、面向用戶的界面改進(jìn)

　　開始屏幕 開始屏幕

　　將不再包含“新增功能”幻燈片，但可以通過(guò) SeeSAR 右上角的新喇叭圖標(biāo)直接鏈接到更新日志。通過(guò)這種方式，所有更改都可以系統(tǒng)地記錄在網(wǎng)站上，如果用戶想了解新功能，他們只需要關(guān)注一個(gè)地方！

　　“What's New”牛角圖標(biāo)將顯示一個(gè)“通知點(diǎn)”，以指示新 SeeSAR 版本的可用性，或者用戶是否沒有單擊此按鈕來(lái)閱讀更新日志。

　　10、新的熱鍵常用的表格操作現(xiàn)在具有鍵盤快捷鍵，適用于所有分子表格：

　　檢查分子 - ALT+C

　　標(biāo)記為收藏夾 - Alt+F

　　將分子設(shè)置為活性/非活性 – ALT+A

　　11、改進(jìn)了對(duì) Docking 和 Similarity Scanner 輸入的處理 Docking 和 Similarity Scanner 模式下的輸入表現(xiàn)在包含復(fù)選框，可以選擇和刪除后續(xù)對(duì)接或 3D 對(duì)齊計(jì)算不需要的輸入

　　分子。

　　這種添加克服了以前存在的瓶頸，即輸入表中的所有分子都要經(jīng)過(guò)對(duì)接或 3D 對(duì)齊計(jì)算。

　　12、改進(jìn)了對(duì)已檢查分子的處理

　　當(dāng)在任何表格上“檢查”分子時(shí)，表格標(biāo)題上會(huì)顯示一個(gè)關(guān)于當(dāng)前檢查的分子總數(shù)的附加指標(biāo)。

　　在具有多個(gè)表（停靠、相似性掃描器）的模式中，如果在檢查多個(gè)表中的分子時(shí)嘗試對(duì)檢查的分子執(zhí)行操作，則會(huì)警告用戶。

　　這可以防止意外刪除/移動(dòng)用戶可能在當(dāng)前視圖之外的表格不同部分檢查過(guò)的分子。

　　13、改進(jìn)的通知消息：

　　SeeSAR 中通知的傳遞方式發(fā)生了重大變化，確保用戶不會(huì)錯(cuò)過(guò)重要通知。

　　基本上有 2 種通知顯示給用戶：a） 信息（藍(lán)色背景）b） 錯(cuò)誤/警告（紅色或橙色背景）。

　　錯(cuò)誤和警告保留在屏幕上，必須由用戶顯式關(guān)閉。

　　消息中心中提供了可用消息數(shù)的指示。

　　在消息中心內(nèi)，用戶現(xiàn)在可以選擇“清除所有信息”或“清除所有消息”。

　　14、增強(qiáng)的過(guò)濾選項(xiàng)

　　在“組合過(guò)濾器”的標(biāo)題下，有三個(gè)新的過(guò)濾器可用于分析儀，可以使用眾所周知的標(biāo)準(zhǔn)快速有效地過(guò)濾分子，即：

　　藥物相似性（Lipinski 的 5 法則）

　　引線狀

　　片段相似性

　　改進(jìn)的進(jìn)度可視化 引入了

　　一個(gè)直觀且功能改進(jìn)的進(jìn)度對(duì)話框。這種新的進(jìn)度可視化傳達(dá)了與當(dāng)前正在執(zhí)行的流程的進(jìn)度相關(guān)的三個(gè)不同消息，即：

　　正在運(yùn)行的進(jìn)程的圖形表示形式

　　已完成執(zhí)行的百分比

　　執(zhí)行完成的估計(jì)剩余時(shí)間

　　15、改進(jìn)了對(duì)外部 HYDE 評(píng)分

　　的支持 HYDEscorer 定義文件導(dǎo)出也可從分析器獲得，現(xiàn)在還包括所有活動(dòng) Ph4 約束的信息，這些信息將用作使用 HYDE 2.0 命令行工具進(jìn)行計(jì)算的后置過(guò)濾器。

　　注： 這種使用 Ph4 約束的擴(kuò)展支持在綁定站點(diǎn)模式下不可用。